Tipos de Sistemas de FIcheiros no Windows:
-FAT 16
O sistema de arquivos FAT-16 é utilizado pelos sistemas operativos MS-DOS e Windows 95. Este sistema utiliza 16 bits para o endereçamento de dados, podendo trabalhar no máximo com 65.526 (216) posições diferentes. Se observarmos, os setores possuem o tamanho de 512 bytes, é facil perceber que em FAT 16 só seria possível aceder 65.536 x 512 bytes= 33.554.432 bytes, isto é 32 MB. Para resolver este problema a Microsoft passou a apontar conjuntos de setores, os clusters, em vez dos setores somente. Observe esta tabela:

Dessa forma, escolhendo clusters dentro do limite de 32 KB cada, tornou-se possível o acesso a discos de até 2GB. A grande desvantagem do sistema FAT 16 é o desperdício. Para entender melhor, imagine que você está a utilizar um disco de 2 GB, cujos clusters são de 32 KB. Neste caso todos os arquivos ocuparão espaço de no mínimo 32 KB, mesmo que sejam menores. O espaço que sobra num cluster que não foi totalmente ocupado fica desperdiçado. Esse desperdício, que pode chegar a 25% da capacidade total do disco, é conhecido como Slack space, e é o grande problema desse sistema de arquivos, além da limitação quanto ao tamanho do disco rígido (2 GB).
-FAT 32
O FAT32 é um sistema de arquivos que organiza o acesso a arquivos nos discos. Criado em 1996 pela Microsoft para substituir o FAT16 usado pelo MS-DOS e com uma série de limitações. O FAT32 foi implementado nos sistemas Windows 95 (OSR2), 98 e Millennium e ainda possui compatibilidade com os sistemas Windows 2000 e XP, que utilizam um sistema de arquivos mais moderno, o NTFS.
Vantagens:
-O desperdício em disco foi sensivelmente reduzido. O FAT16, seu antecessor, utilizava clusters de até 64 KiB enquanto o FAT32 pode utilizar clusters de 4 KiB.
-O FAT32 é mais confiável, pois ele consegue posicionar o diretório principal em qualquer lugar do disco. Nos sistemas FAT antigos, havia uma limitação no número de entradas que podiam ser alocadas no diretório principal (512 arquivos e/ou pastas). Não há essa limitação no FAT32.
Desvantagens:
-O FAT32 é cerca de 6% mais lento que o sistema FAT16. Como o tamanho do cluster é menor, existirão mais clusters no disco tornando um pouco mais demorado o armazenamento de dados.
-NTFS
Desenvolvido para superar as limitações do sistema FAT, o NTFS utiliza algumas estruturas em 64 bits (p.ex., para endereçamento de blocos -- clusters). Em teoria o NTFS poderia suportar volumes com até 16 EB, mas a implementação atual limita um volume a 256 TB, se forem usados blocos de 64 KB, ou 16 TB, quando o tamanho do bloco for de 4 KB; o tamanho máximo de um arquivo é de 16 TB.
Oferecendo melhor segurança e recuperação a dados, a NTFS também oferece um nível de armazenamento muito maior que FAT, FAT16 ou FAT32, já que é possível adotar sistemas com até 2 Tb de armazenamento em um único disco, ou seja, é possível utilizar um disco de 1 TB inteiramente como partição NTFS, porém, com FAT32 teria que dividí-lo em várias partes para poder utilizar na íntegra.
A Grande vantagem deste tipo de partição é que ela oferece nível de segurança por meio de acesso por nível de usuário, ou seja, através de uma tabela de usuários da ACL do núcleo do Windows NT, os arquivos ou pastas podem permitir acesso ou negar o acesso, ou mesmo permitir apenas a leitura, não permitindo a gravação, então é possível dizer que também não é possível utilizar a partição NTFS em sistemas como o Windows 3.1, Windows 95, Windows 98, Windows ME Millenium Edition, já que estes sitemas operacionais usam como o núcleo o MS-DOS, e não o núcleo NT.
Tipos de Sistemas de FIcheiros no Linux:
minix – o mais antigo e presumivelmente o mais credível, mas bastante limitado em facilidades (máximo de 30 caracteres para nomes de ficheiros, etc.) e restrições de armazenamento (no máximo 64 MB por sistema de ficheiros).
-xia
Uma versão modificada do sistema de ficheiros minix, o qual aumenta os limites dos nomes dos ficheiros e do sistema de ficheiros, mas não introduz novas facilidades. Não é muito popular, mas comenta-se que funciona muito bem.
-ext2 e ext3
Os mais poderosos e populares sistemas de ficheiros nativos do Linux. Criados para serem facilmente compatíveis com os avanços das novas versões, sem ser necessário refazer os sistemas de ficheiros já existentes.
-ext
Uma versão antiga do ext2, a qual não é mais compatível com as versões actuais. É raro vê-la instalada em sistemas novos e mesmo os mais antigos têm sido convertidos para ext2. Adicionalmente, há o suporte a diversos sistemas de ficheiros de outros sistemas operativos, para simplificar a troca de informações com esses sistemas operativos.